"Punpun Onodera é um garoto normal, que vive feliz com sua família. Um dia, Aiko Tanaka é transferida para a sua escola. Foi paixão à primeira vista!! Voltando juntos para casa, ela conta que no futuro, “a Terra vai se tornar um planeta inabitável”. É nessa hora que Punpun decide ser um cientista espacial. Porém, bem quando encontra seu objetivo na vida, a sua realidade começa a desmoronar. Considerado por muitos como a obra-prima do aclamado Inio Asano, Boa Noite Punpun é um slice of life que trata de temas delicados como solidão, relações familiares conturbadas e depressão. Depois que seu pai foi embora, Punpun começou a morar com a mãe e o tio Yuuichi. O garoto, agora no ginasial, está na mesma classe que seus amigos. Porém, ele não está mais falando com Aiko, a garota por quem era apaixonado desde pequeno. Ela começou a sair com um veterano do clube de badminton e, agora, a vida de Punpun virou um verdadeiro inferno!! Depois de um ginásio sem muitas emoções, Punpun agora é um estudante colegial. Porém, o tio Yuuichi continua desaparecido!! O que o garoto, sua mãe e Midori farão?! Enquanto planejavam sua mudança e procuravam pelo tio, um incidente faz a vida de Punpun se transformar aos poucos..."